Completar um número com zeros à esquerda em Java, o chamado zero-padding, é simples e pode ser feito em apenas uma linha. Para isso deve-se usar o método estático format da classe String.

int numero = 5;

String.format("%06d", numero); // retorna 000005

O primeiro parâmetro do método é relacionado com o tamanho da String de saída. No exemplo acima é de até 6 zeros, dependendo do número de entrada.