Quando você baixa programas para o Ubuntu diretamente por uma página e não pela central de instalação, por exemplo eclipse ou sublime text, ao abrí-los a opção de deixá-los no painel de abertura não existe.

Para fazer isso acontecer você precisa configurar um arquivo que contém comando do programa e ícone. Você pode fazer isso na raça, editando na mão o arquivo, mas irei mostrar aqui uma maneira mais facilitada.

Primeiro faça o download do programa Main Menu pela central de instalação do Ubuntu.

Então abra o programa:

Adicione as informações do programa que deseje instalar, como nome, comando ou path para executável e ícone. Para selecionar o ícone basta clicar na imagem. Ao salvar o Main Menu irá criar o arquivo .desktop necessário para fazer a mágica acontecer. Abra a pasta ~/.local/share/applications e você encontrará o arquivo, execute ele e o programa irá abrir com a opção de permanecer na barra de abertura. Outra opção é arrastar o arquivo criado para a barra lateral.